パタゴニアの創設者イヴォン・シュイナードは、ヨセミテを中心にクライミングをする傍ら、独学で学んだ鍛冶技術でピトンの鍛造と販売を始めました。
1965年にシュイナード・イクイップメントを設立して登山用具を販売し、やがて米国最大のクライミング・ギアのサプライヤーへと成長します。 1960年代後半、スコットランドにクライミング旅行へ出かけた際に購入したラグビーシャツがクライミング仲間に好評だったことから、ラグビーシャツの輸入販売を開始しました。 その後、衣料品の製造販売が増加して衣料部門をクライミング・ビジネスから独立させ、パタゴニアが誕生することとなります。

当時ダウンにはコットンやウールが使用されていましたが、北大西洋の漁師が着ていた保温性に優れた化繊パイルのセーターに着目したシュイナードは、濡れても保温効果を保つパイル製セーターの販売を開始しました。 また水分を吸収しないポリプロピレン製のアンダーウェアを製造することにより、素肌に直接着用するインナーレイヤーで水分を発散して、中間のパイルをインサレーションとし、そして一番外側に着るシェルで雨風を防ぐ、というレイヤリングのコンセプトを提案しました。

パイルのセーターとポリプロピレンのアンダーウェアが大ヒットする中、さらなる素材の改良が進められ、毛玉になりやすい欠点のあったパイルは、バンティングを経て、全く毛玉にならない両面起毛のシンチラ素材へと進化を遂げます。 一方ポリプロピレンも、熱に弱いため高温で強力な乾燥機に入れると生地が溶けてしまう、疎水性で水を弾いて汚れが落ちにくい、等の欠点を改善したキャプリーンポリエステルへと生まれ変わりました。 他にも、動きやすく効果的に水分を吸湿発散するキャプリーン バリアブル・ニットや、軽量で保温性に優れ、コンパクトに収納可能なレギュレーターインサレーションを開発、さらに2005年には、ウェットコンディションにおける機能を大幅に改善した新しい継ぎ目の技術であるコンポジット・シーム・システムを発表しました。

また、1986年に開始した環境活動グループへの寄付を始め、カタログには再生紙を使用、シンチラ・フリース素材にはリサイクルしたペットボトルから作った再生ポリエステルを採用、さらには全製品をオーガニックコットン100%に切り替えるなど、環境保護活動にも力を入れています。

機能的な素材に加え鮮やかな色使いによって、アウトドアを楽しむ人々だけでなくファッション性を追求する人々をも魅了し、環境保護も考慮しながら、常に素材の研究やデザインの改善を続けるパタゴニアの進化は留まるところを知りません。